Politisch gesteuert wird die GDA durch die Nationale Arbeitsschutzkonferenz (NAK). Die NAK setzt sich zusammen aus je drei Vertretern des Bundes, der Arbeitsschutzbehörden der Länder und der Spitzenverbände der gesetzlichen Unfallversicherung. Je drei Vertreter der Spitzenorganisationen der Arbeitgeber und Arbeitnehmer nehmen mit beratender Stimme teil. Der Vorsitz der NAK wechselt jährlich zwischen den GDA-Trägern.

In der NAK entscheiden die Mitglieder über die Ausrichtung der GDA und legen gemeinsame Prioritäten und Arbeitsschutzziele fest. Die NAK kann Arbeitsgruppen einsetzen, u.a. zur Umsetzung der Arbeitsprogramme oder zur Steuerung der Evaluation. Auch die Arbeitsgruppen sind paritätisch mit Vertretern aller GDA-Träger besetzt.

Bei der Ausgestaltung und Fortentwicklung der GDA wird die NAK durch das Arbeitsschutzforum beraten. Ziel der jährlich stattfindenden Tagung ist der fachliche Austausch mit den Arbeitsschutzexperten der Verbände, der Wissenschaft und der Fachöffentlichkeit.

Unterstützt wird die NAK durch die bei der Bundesanstalt für Arbeitsschutz und Arbeitsmedizin (BAuA) angesiedelte NAK-Geschäftsstelle. Die Geschäftsstelle begleitet die Umsetzung der GDA und ist Ansprechpartner für alle Fragen rund um die Entwicklung der gemeinsamen Strategie. Zu ihren Aufgaben zählt insbesondere die Analyse und Aufbereitung von Daten und Fakten zur GDA, die Koordinierung der GDA-Gremienarbeit und die übergreifende Öffentlichkeitsarbeit.